Das Gelände des botanischen Gartens erstreckt sich im Troja-Tal auf einer Fläche von ca. 70 ha in einem enorm gliedrigen Terrain und liegt auf einer Meershöhe von 179 bis 276 m. Im Jahre 1968 wurde das Vorhaben genehmigt, in diesem Raum einen botanischen Garten zu schaffen. Die Lösung des Gartens wurde nach dem Siegprojekt der akademischen Architekten Josef Hrůza, Jiří Navrátil und von Ing. J. Jager abgewickelt. In Bezug auf die Ausdehnung der Fläche ist der Aufbau eines Gartens eine langfristige Angelegenheit. Der Garten war bis zum Jahr 1992 nicht üblich zugänglich, als die Auftaktexposition auf einer Fläche von 3 ha eröffnet wurde. Er ist als Park mit Kollektionen von kleinen Zwiebelblumen, Staudengewächsen, Sonnenblumen und Heil-, Heiden-, xerophilen und hygrophilen pflanzen mit einem Steingartenpflanzengewächshaus und einer Dendrologieabteilung mit inländischen sowie exotischen verkümmerten Nadelbäumen gestaltet. Der heutige während der Saison zugängliche Raum zählt 4 ha und beim Betreten kann man außer der einleitenden Exposition auch einen japanischen Garten mit Originalarten japanischer Pflanzen, eine geographische Exposition von Pflanzen aus der Türkei und Mittelmeer und darunter eine Sammlung von Schwertlilien besichtigen. Im Garten ist eine einzigartige Blumensonnenuhr zu sehen.
Im Garten wurde das neue tropische Gewächshaus Fata Morgana aufgebaut. Es wurde im Sommer 2003 zu Ende gebracht. Für die Öffentlichkeit wurde es am 12. 6. 2004 eröffnet. Es ist 130 Meter lang, 13 Meter breit, nimmt eine Fläche von fast 2200 Quadratmeter ein und ist in 3 Teile aufgeteilt:
– Sukkulente, mittelamerikanische Savanne, Halbwüste von Madagaskar und Südamerika
– tropische Regenwälder (hier gibt es einen sieben Meter hohen Wasserfall)
– künstliche gekühltes Gewächshaus – das Klima der Anden und des Kaps der Guten Hoffnung, von Tasmanien, Neuseeland
Es wird schrittweise an weiteren neuen Expositionen gebastelt. Der Garten dient einerseits als Quelle für Kenntnisse der Öffentlichkeit, anderseits als wissenschaftliche Forschungsstätte, die die Schutzproblematik der natürlichen Standorte einiger Pflanzenarten löst und die die Vielfältigkeit der Pflanzenarten und -sorten erhält und erfasst. Dadurch, dass im Garten auf ca. 12 ha Schutzgebiete vom Reservationscharakter aufrechterhalten werden (Salabka, Haltýř, Pustá vinice, Podhoří und Velká skála), sind für diese Arbeit gute Bedingungen gegeben. Der Garten verwaltet auch den Weinberg der Hl. Klara – Salabka – und den Drahaner Naturpark.