Den Turm, Glockenturm oder Wartturm, der an die Kirche anliegt, baute Kilian Ignaz Dientzenhofer, Anselmo Lurago beendete ihn nach seinen Entwürfen im Jahr 1755. Der Turm ist gleich so hoch wie die Kuppel der Kirche, der Öffentlichkeit zugänglicher Wandelgang ist in der Höhe von 65 m und es führen 215 Stufen dorthin. Der Turm gehörte der Gemeinde, nicht der Kirche, was das Wappen der Kleinseite (Malá strana) über dem Eingang symbolisiert. Deshalb hat es auch die Hausnummer 556, während die kirchlichen Bauten meistens keine Nummer hatten. Der Turm hat auch einen separaten Eingang vom Platz. Übrigens es war seit Mittelalter gewöhnlich, dass die Glockentürme der Kirchen meistens Gemeinden bauten. Der Turm der Kirche St. Nikolaus war der letzte Wartturm in Prag. Im Jahr 1891 zog aus dem Turm der letzte Turmwächter aus, dessen Aufgabe war, bei einem Brand zu läuten und die Richtung mit einer roten Fahne oder in der Nacht mit einer Laterne zu zeigen. Nach ihm wohnte hier der Maler Jan Vochoč, der überwiegend Hradschin (Hradčany) und kleinseitner Dächer malte. Seit Anfang der 50er Jahre bis zum Fall des kommunistischen Regimes war hier eine Beobachtungsstelle der Staatssicherheit, die von hier vor allem das Geschehen in den Botschaften der westlichen Länder überwachte.
